در سال ۱۴۰۹ق، هنگامی که آیت‌الله سید ابوالقاسم خویی بیمار شده بود، از آیت‌الله سیستانی خواست که به جای ایشان در مسجد خضرا در نجف نماز جماعت اقامه کند.
ایشان ابتدا نپذیرفت؛ اما آیت‌الله خویی بر درخواست خود تأکید کرد و سرانجام آیت‌الله سیستانی پذیرفت. از ۵ جمادی‌الثانی ۱۴۰۹ق، امامت جماعت مسجد خضرا را بر عهده گرفت و تا سال ۱۴۱۴ق ادامه داد؛ یعنی بیش از پنج سال.
این مسجد فقط محل اقامه نماز نبود. حضور مستمر ایشان در مسجد باعث شد ارتباط مستقیمی با طلاب، علما و مردم شکل بگیرد و نام ایشان بیش از پیش در فضای علمی و اجتماعی نجف مطرح شود.
حتی در گزارش رسمی زندگی‌نامه آمده است که پس از رحلت آیت‌الله خویی در سال ۱۴۱۳ق، انتخاب ایشان به عنوان امام جماعت مسجد خضرا از سوی استادشان، یکی از عواملی بود که جایگاه ایشان را در میان مردم و فضلا برجسته کرده بود.
تاریخ فقاهت فقط در صفحات کتاب‌ها نوشته نشده؛ گاهی بخشی از آن در محراب یک مسجد و در ارتباط روزانه فقیه با مردم شکل گرفته است.
منبع:
پایگاه رسمی دفتر آیت‌الله سیستانی، زندگی‌نامه، بخش «نماز جماعت».