مرحوم خوئی فرموده بسیار از اصحاب ائمه علیهم‌السلام از حکم قنوت سوال کردند و ظاهر از سوال‌های زیاد آن است که قنوت در نماز وجوب نداشته و نمی‌شود یک عمل در نماز واجب باشد ولی بر این اصحاب کبار مخفی مانده باشد. پس این همه سوال، ناشی از اختلافاتی بود که خود ائمه علیهم‌السلام در میان اصحابشان القاء کرده بودند و گاهی اصل مساله را نفی کردند. مساله قنوت میان شیعه و عامه محل خلاف بوده و امام علیه‌السلام گاهی بر خلاف مستحب را بیان کردند و این ناشی شده تا اصحاب دوباره سوال کنند.
این ادعا صحیح است مضافاً بر اینکه ائمه علیهم‌السلام در مورد قنوت، مختلف سخن گفتند مثلا در نمازهای جهریه فقط بیان کردند و به دلیل اختلاف در مراتب فضل، متفاوت پاسخ دادند. این اختلاف سبب شده تا بزرگان رواة دوباره سوال کنند. این نکته‌ای است که در سایر مستحبات نیز جاری است مثل نماز جعفر طیار یا صوم مسافر و روایات در آنها مختلف بیان شده چون مراتب شدید و غیر شدید دارد.